ISF attache une grande importance au bon fonctionnement de ses instances de décision. Les statuts de la fédération ISF régissent l’équilibre entre les différentes composantes de la fédération : représentants des groupes locaux, coordinateurs et personnes relais, adhérents sympathisants.
Le conseil d'administration comprend entre 20 et 30 personnes selon les années, il se réunit six fois dans l'année.
Les groupes ISF sont des associations déclarées indépendamment. Ils ont des statuts différents.